تقوم عمادة البحث العلمي بتخطيط ودعم وإدارة وتشجيع الأنشطة البحثية في الجامعة من خلال الدعم الداخلي والخارجي. وتشمل المهام الوظيفية للعماده الإشراف على دعم مشاريع الأبحاث والزيارات العلمية وحضور المؤتمرات والتفرغ العلمي وجوائز التميز في البحث العلمي. كما تشرف العمادة على ورشة مركزية تدعم النشاطات البحثية. ويتم تخطيط وإدارة معظم أنشطة العمادة من خلال مجلس البحث العلمي بالإضافة إلى عدد من اللجان تشمل لجنة البحوث ولجنة الأبحاث العربية ولجنة المؤتمرات. ويشرف مجلس البحث العلمي على تطوير أنظمة البحث العلمي ويرأسه عميد البحث العلمي ويضم في عضويته عدداً من الأساتذة يمثلون مختلف الكليات. أما لجنة البحوث فتضم في عضويتها 11 من أعضاء هيئة التدريس يمثلون كليات الجامعة المختلفة. وتختص لجنة البحوث العربية بمراجعة وتقييم مقترحات تأليف الكتب العربية والترجمة بالإضافة إلى الدراسات باللغة العربية. أما لجنة المؤتمرات فتختص بتقييم ودعم حضور الأساتذة للمؤتمرات العالمية. ويرأس عميد البحث العلمي جميع هذه اللجان.
يمكن تصنيف البحوث التي تمارس في إطار أنشطة البحث بالجامعة إلى بحوث شخصية، ومدعمة، وتعاقدية. وتضم البحوث الشخصية والمدعمة الأنشطة التي يقوم بها أعضاء هيئة التدريس وفقاً لاهتماماتهم الشخصية، أو نتيجة لمشاركتهم في البحوث المدعمة من الجامعة، أو من قبل بعض الجهات الأخرى الممولة لأنشطة البحث، أما البحوث التعاقدية فتتم إدارتها بواسطة وكالة الجامعة للدراسات والأبحاث التطبيقية، وهي تشمل مشاريع البحوث التي تنفذها الأقسام الأكاديمية ومعهد البحوث، حيث يُعد معهد البحوث بالجامعة بؤرة الأنشطة للبحوث التعاقدية.
ويقوم الباحثون المتفرغون بالمعهد ـ بالتعاون مع أعضاء هيئة التدريس من ذوي الخبرة في مجال البحث العلمي ـ بتكوين فرق تنفيذ مشاريع البحوث التعاقدية. وتتلخص رسالة معهد البحوث في "خدمة المملكة من خلال القيام بالبحوث التعاقدية وتطوير استخدام مصادر الجامعة"، وتتضمن أهدافه: خدمة المملكة باعتباره جهة مهنية متخصصة لحل المشكلات، والعمل على تيسير استيعاب التقنيات المستوردة في البيئة السعودية، وتلبية احتياجات المنظمات الحكومية والصناعة المحلية والمنشآت والمؤسسات الاقتصادية للبحث والتطوير، وتطوير الخبرة المحلية وتوسيع القاعدة المعرفية للمملكة، ومساندة برامج الدراسات الجامعية والدراسات العليا، والإسهام في عملية التعليم والتدريب الراقي للطلاب.
ويمثل تقديم مذكرة فنية ـ تتضمن تعريفاً بقدرات الجامعة في مجال البحوث التطبيقية ـ إلى الجهات المتوقع استفادتها من هذه القدرات الخطوة الأولي في عملية البحوث التعاقدية، على أنه ـ في حالات أخرى ـ قد تتقدم منظمة أو مؤسسة أو منشأة لمعهد البحوث بطلب مساعدتها على إيجاد حل للمشكلة التي تواجهها، كما قد يتسلم المعهد طلباً لإعداد عرض بمشروع معين للبحث التطبيقي، وفي كل الحالات يستجيب المعهد بتقديم عرض دراسة مفصل يشرح فيه طريقة تنفيذ البحث أو الدراسة، ومجال العمل المقترح، ومدة التنفيذ، وتكلفة المشروع، وآلية متابعة مرحلية الإنجاز، والتزامات الجامعة تجاه الجهة صاحبة المشروع، والتزاماتها تجاه الجامعة، والمستندات التي يقدمها المعهد لتلك الجهة.
وعندما ترسل الجهات المستفيدة من خدمات البحوث التعاقدية بالمعهد أو بالجامعة طلباتها بدراسات محددة يتم تشكيل فريق العمل من أعضاء هيئة التدريس من ذوي المعرفة العلمية والخبرة بالاشتراك مع نخبة مختارة من الباحثين المتفرغين بالمعهد. ويعكس هذا الترتيب (أو الإجراء) استناد أنشطة البحوث التعاقدية بالجامعة إلى رصيد كبير من القوى العاملة المؤهلة والخبيرة الذي يتألف من خبراء معهد البحوث وأعضاء هيئة التدريس.
وتتركز الخبرات الفنية للبحوث التعاقدية الموجودة لدى معهد البحوث في مراكزه الفنية السبعة التي تحوي مجموعة من الوحدات البحثية والمعامل المتخصصة على النحو التالي:
مركز علوم الفيزيائية التطبيقية الذي يضم: المواصفات والمعايير، ومعمل التحليل المركزي مركز بحوث الاتصالات والحاسبات الآلية الذي يضم: بحوث تقنية الحاسبات الآلية، وتقنية الاتصالات مركز الاقتصاد والنظم الإدارية التي يضم: بحوث تنمية المنشآت الاقتصادية، والدراسات الاقتصادية، والبحوث الإدارية والجودة مركز البحوث الهندسية الذي يضم: بحوث المواد، وهندسة المناطق الحضرية، والتحاليل الهندسية، وأنظمة الطاقة، ومعمل توصيف المواد مركز البيئة والمياه الذي يضم: بحوث المياه، والبيئة، والدراسات البحرية مركز البترول والمعادن الذي يضم: بحوث هندسة البترول والغاز، جيولوجيا وجيوفيزياء البترول، والمصادر المعدنية، والاستشعار عن بُعد مركز التكرير والبتروكيماويات الذي يضم: بحوث التكرير، والبتروكيماويات، وتطوير المنتجات البتروكيماوية
وتتم مساندة كافة أنشطة البحوث التطبيقية بالجامعة من خلال مركز دعم البحوث. وتشمل الأنشطة التي يقوم بها المعهد ما يلي:
استخدام الليزر والأساليب النووية في البحوث التطبيقية، والقياسات، وخدمات التحليل العنصر للمواد الدراسات في مجال الاتصالات، والحاسبات الآلية، وتقنية المعلومات الأنظمة الإدارية، والتوقعات الاقتصادية، وتطوير قواعد المعلومات دراسات في مجال الهندسة الميكانيكية، والمدنية، والكهربائية، بما في ذلك تآكل المواد، وحركة المرور، والرصف، والطاقة الكهربية، ومحاكاة الأنظمة الهندسية، وتوصيف المواد مراقبة التلوث الجوي، والتخلص من النفايات، ونوعية المياه الجوفية، والتلوث البحري، والمصادر المائية، وتحليل أنظمة الري ونمذجتها أتمتة إنتاج البترول والغاز باستخدام الطرق المناسبة للحفر والاستخلاص، والارتقاء بمستوى المعرفة للتراكيب الجيولوجية الحاملة للزيت والغاز، وتعزيز عمليات استكشاف البترول باستخدام الاستشعار عن بُعد، والدراسات المعدنية تطوير الحفازات وتحسين أدائها، والعمليات المحفزة، والمنتجات، وتحسين طرق إنتاج المتضاعفات (البوليمرز)استخداماتها، وتحسين استخدامات المواد البلاستيكية.
وغالباً ما يجري تنفيذ حوالي (50) خمسين مشروعاً للبحوث التعاقدية في معظم الأوقات، وإنتاج حوالي (100) تقرير خاصة بالمشاريع التعاقدية سنوياً إضافة إلى إنجاز عدة مئات من خدمات التحاليل والقياسات المعملية، ويقدر عدد الجهات التي تقدم لها خدمات البحوث والدراسات والتعاقدية والتحاليل المعملية بحوالي (150) مائة وخمسين؛ إضافة إلى ذلك، ينتج الباحثون بالمعهد سنوياً حوالي (100) مائة ورقة بحثية التي يتم نشرها في وسائل النشر المتاحة، كما جرى إنتاج عدد من براءات الابتكار التي جرى تسجيلها لدى مكاتب عالمية، وهناك عدد آخر من براءات الابتكار بانتظار التسجيل. ويبلغ عدد العاملين بالمعهد (مع بداية عام 2005م) مائتين وثمانية وخمسين (258) عاملاً متفرغاً، موزعين على النحو التالي: ثلاثة وخمسون (53) من حملة درجة الدكتوراه، وأربعة وستون (64) من حملة درجة الماجستير، وخمسون (50) من حملة درجة البكالوريوس، وواحد وتسعون (91) من حملة الشهادات الأخرى؛ وعادة ما تتشكل فرق العمل لتنفيذ الدراسات والبحوث التعاقدية من حوالي (35%) باحث المعهد المتفرغين، و(25%) من أعضاء هيئة التدريس، و(10%) من الطلاب، و(30%) من القوى العاملة المساندة.